Arrêts maladie : ce qui change pour l’employeur depuis le 1er septembre 2026

Une mesure effectivement applicable depuis le 1er septembre 2026

La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, promulguée le 30 décembre 2025, a posé le principe d’un plafonnement de la durée des prescriptions. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 a ensuite fixé les durées à 31 jours pour une première prescription et à 62 jours pour une prolongation.

La mesure s’applique aux prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026 par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. Elle ne s’applique pas à Mayotte. Il ne s’agit donc plus d’une annonce ou d’un projet : les plafonds sont entrés en vigueur.

31 et 62 jours ne limitent pas la durée totale de l’absence

Le point essentiel est de distinguer la durée inscrite sur une prescription de la durée totale pendant laquelle l’état de santé peut justifier une absence. Un salarié ne doit pas automatiquement reprendre son poste au 32e ou au 63e jour. Une prolongation peut être prescrite si son état le nécessite.

Le professionnel de santé peut également déroger au plafond lorsqu’une durée plus longue est médicalement nécessaire. Il doit alors justifier cette décision sur la prescription et tenir compte, lorsqu’elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé.

Pour l’entreprise, la date de fin portée sur l’arrêt reste donc une échéance prévisionnelle. Elle sert à organiser le suivi administratif et la continuité de l’activité, mais ne permet pas de présumer la date réelle de retour.

Ce qui change concrètement pour l’employeur

Le décret n’ajoute pas de nouveau formulaire propre à l’employeur. Les procédures habituelles auprès de l’Assurance Maladie et dans le logiciel de paie restent applicables. En revanche, les absences longues peuvent entraîner davantage d’échéances de renouvellement et de mises à jour de la date de fin prévisionnelle.

L’entreprise doit disposer d’un circuit clair : réception du volet employeur, transmission des éléments de salaire, mise à jour de la paie, suivi de la subrogation lorsqu’elle est pratiquée et organisation du relais sur le poste concerné.

• Identifier la personne responsable de la réception et du traitement des arrêts.
• Enregistrer la date de début, la date de fin prévisionnelle et le statut du signalement, sans donnée médicale.
• Programmer une alerte administrative avant l’échéance pour anticiper la paie et la continuité du poste.
• Prévoir un relais pour les tâches, accès et échéances réellement critiques.

Paie et DSN : les contrôles utiles

Lorsque l’employeur ne pratique pas la subrogation et utilise le signalement DSN, les éléments de salaire doivent être transmis dans les cinq jours suivant la connaissance de l’arrêt. En cas de subrogation, la transmission doit intervenir dès réception de l’arrêt et au plus tard avec la DSN mensuelle du mois concerné.

Pour une prolongation sans interruption, établie pour le même motif et portant la durée totale de l’arrêt à six mois au plus, une nouvelle attestation de salaire n’est pas nécessaire. L’employeur adhérent à la DSN met à jour la date de fin prévisionnelle dans son logiciel de paie. Au-delà de six mois, l’attestation doit être renouvelée.

Les règles de maintien de salaire et de subrogation doivent toutefois être contrôlées séparément selon la convention collective, l’ancienneté du salarié et les dispositions applicables dans l’entreprise.

Respecter le secret médical

Le plafonnement ne donne aucun droit nouveau à l’employeur sur les informations de santé. L’entreprise ne peut pas exiger le diagnostic du salarié ni la justification médicale d’une éventuelle dérogation. Ces éléments restent couverts par le secret médical.

Un tableau de suivi RH doit donc se limiter aux informations nécessaires : dates, réception du document, traitement en paie, subrogation, échéances et actions de continuité. Les informations médicales n’ont pas à y figurer.

La checklist à appliquer dans une TPE ou une PME

• Informer la personne qui gère la paie des plafonds de 31 et 62 jours et de la possibilité de dérogation.
• Vérifier la procédure de signalement DSN et le paramétrage des dates de fin prévisionnelle.
• Créer des rappels administratifs quelques jours avant les échéances.
• Contrôler la convention collective, le maintien de salaire et la subrogation.
• Documenter les relais sur les postes sensibles sans rechercher d’information médicale.
• Vérifier séparément les obligations liées à la reprise et au service de prévention et de santé au travail.

Trois erreurs à éviter

Première erreur : croire qu’un salarié doit reprendre après 31 jours. Ce délai correspond seulement au plafond de principe de la première prescription.

Deuxième erreur : refuser automatiquement un document dépassant le plafond. Une dérogation médicale est prévue par les textes et l’employeur n’a pas accès à son contenu médical.

Troisième erreur : confondre fin de prescription et fin des droits à indemnisation. Le décret encadre la durée portée sur chaque prescription ; il ne transforme pas le 31e ou le 62e jour en date automatique de reprise ou de fin d’indemnisation.

L’analyse Business United

Pour une petite entreprise, l’enjeu dépasse le traitement d’un document. Une absence mal suivie peut créer une erreur de paie, retarder le versement des indemnités ou désorganiser une fonction essentielle. La bonne réponse consiste à relier le suivi administratif à un plan de continuité simple.

Business United recommande un registre d’échéances limité aux données nécessaires, un responsable clairement identifié et une procédure de relais pour les postes sensibles. Cette organisation protège le salarié, sécurise l’employeur et réduit les décisions prises dans l’urgence.

À retenir

• La mesure est applicable aux prescriptions et prolongations établies depuis le 1er septembre 2026.
• La première prescription est en principe plafonnée à 31 jours ; chaque prolongation à 62 jours.
• Ces plafonds ne constituent pas une durée maximale totale d’absence.
• Une dérogation reste possible lorsqu’elle est médicalement justifiée.
• L’employeur doit surtout fiabiliser les échéances, la paie, la confidentialité et la continuité d’activité.